Une nouvelle ère 1/2 
(Rising, part 1)
Épisode # 101
(Rising, part 1)Épisode # 101
La découverte des coordonnées de la cité d’Atlantis permet au docteur Elizabeth Weir de former une équipe internationale, regroupant les meilleurs scientifiques et militaires, afin d’aller l’explorer.
Une nouvelle ère 2/2 (Rising, part 2)
Épisode # 102
(Rising, part 2)Épisode # 102
L’Expédition se retrouve confrontée à la question d’abandonner Atlantis, immergée sous l’océan. Par la suite, le major Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraiths
Invulnérable (Hide and Seek)
Épisode # 103
(Hide and Seek)Épisode # 103
Tandis que l’Expédition s’installe dans la cité, Beckett effectue les premiers essais d’inoculation du gène ATA. Au même moment, un Athosien libère une créature énergivore menaçant Atlantis et ses habitants.
38 minutes (Thirty Eight Minutes)
Épisode # 104
(Thirty Eight Minutes)Épisode # 104
Au cours d’une mission, Sheppard est victime d’un insecte alien. Mais après avoir essuyé des tirs ennemis en repartant, le Jumper de l’équipe se retrouve coincé dans la porte spatiale.
Soupçons (Suspicion)
Épisode # 105
(Suspicion)Épisode # 105
Le doute règne sur Atlantis lorsqu’on découvre qu’il existe un espion sur la cité après que l’équipe de Sheppard ait été victime de plusieurs attaques wraiths lors de missions d’exploration.
La fin de l’innocence (Childhood’s End)
Épisode # 106
(Childhood’s End)Épisode # 106
Lors d’une mission, des perturbations électromagnétiques font s’écraser le Jumper de l’équipe de Sheppard. Celle-ci décide donc de rechercher la source de ces fameuses perturbations.
Sérum (Poisoning the Well)
Épisode # 107
(Poisoning the Well)Épisode # 107
Le docteur Beckett se rend sur Hoff afin d’aider ses habitants à terminer un sérum conçu dans le secret et depuis des centaines d’années, et qui leur permettrait de lutter contre les Wraiths.
Apparences (Underground)
Épisode # 108
(Underground)Épisode # 108
Alors que les provisions de l’Expédition diminuent dangereusement, Teyla propose d’entrer en contact avec les Geniis, un peuple avec qui elle a souvent eu l’occasion de commercer.
Retour sur Terre (Home)
Épisode # 109
(Home)Épisode # 109
Au cours d’une mission, McKay découvre le moyen de rentrer sur Terre par la porte des étoiles. Mais à leur retour, Weir et l’équipe de Sheppard réalisent que ce monde ne ressemble pas à celui qu’ils ont quitté.
En pleine tempête 1/2 (The Storm)
Épisode # 110
(The Storm)Épisode # 110
Un énorme cyclone menace Atlantis et le continent où sont implantés les Athosiens. Alors que Weir et Sheppard préparent l’évacuation, les Geniis profitent de la situation pour s’emparer de la Cité.
Duel (The Defiant One)
Épisode # 112
(The Defiant One)Épisode # 112
Alors qu’ils partent explorer un satellite Ancien, Sheppard et McKay détectent l’épave d’un vaisseau wraith échouée sur une planète du système solaire d’Atlantis, et décident de l’explore
Le Feu et L’Eau 
(Fire and Water)
(Fire and Water) Épisode # 112
Daniel est retenu prisonnier par une créature extraterrestre tandis que les membres de SG-1 remettent en doute leurs souvenirs de la mort de Daniel.
Virus (Hot Zone)
Épisode # 113
(Hot Zone)Épisode # 113
McKay et son équipe sont contaminés par un virus alors qu’ils explorent des sections d’Atlantis endommagées par la tempête. L’Expédition doit alors trouver un remède avant que le virus ne se propage davantage.
Hors d’atteinte (Sanctuary)
Épisode # 114
Épisode # 114
L’équipe découvre un monde protégé des Wraiths. Pour convaincre sa protectrice de partager ce refuge, Sheppard l’amène sur Atlantis. Mais McKay a des doutes sur sa véritable identité.
Le grand sommeil (Before I Sleep)
Épisode # 115
(Before I Sleep)Épisode # 115
En explorant la Cité, Sheppard et son équipe font la rencontre d’une vieille femme en stase depuis 10 000 ans. En la réanimant, l’équipe découvre qu’il s’agit d’Elizabeth Weir.
La communauté des Quinze (The Brotherhood)
Épisode # 116
(The Brotherhood)Épisode # 116
L’équipe de Sheppard se lance dans une quête pour retrouver un E2PZ caché sur une planète par un Ancien. Mais rapidement, une vieille connaissance va la rejoindre.
Derniers messages (Letters From Pegasus)
Épisode # 117
(Letters From Pegasus)Épisode # 117
Alors que trois vaisseaux-ruches wraiths font route vers Atlantis, McKay trouve une astuce pour envoyer un message de détresse et des informations sur la Cité au SGC.
Sous hypnose (The Gift)
Épisode # 118
(The Gift)Épisode # 118
Victime de cauchemars, Teyla part en mission avec l’équipe dans une ancienne base scientifique wraith. Après des analyses, Beckett et Weir lui révèlent la véritable raison de ses troubles.
Assiégés 1/2 (The Siege, part 1)
Épisode # 119
(The Siege, part 1)Épisode # 119
L’Expédition tente de réactiver le satellite de défense afin de stopper l’avancée de l’ennemi. Pendant que Zelenka prépare l’autodestruction de la Cité, Sheppard découvre qu’un Wraith est caché sur Atlantis.
Assiégés 2/2 (The Siege, part 2)
Épisode # 120
(The Siege, part 2)Épisode # 120
Le SGC envoie un contingent militaire afin d’organiser la résistance face à l’ennemi. Mais malgré les moyens déployés, la Cité semble perdue