Menace sur la Terre 
(No Man’s Land)
Épisode # 301
(No Man’s Land)Épisode # 301
Atlantis tente d’empêcher deux vaisseaux-ruches d’atteindre la Terre. Sheppard doit faire équipe avec un vieil ennemi pour sauver McKay et Ronon retenus prisonniers à bord de l’un des vaisseaux.
Transformation (Misbegotten)
Épisode # 302
(Misbegotten)Épisode # 302
L’équipe doit décider du sort des rescapés wraiths qu’ils ont transformés en humains. Sur Terre, les décisions d’Elizabeth Weir sont remises en question par les membres de la CIS.
Irrésistible (Irresistible)
Épisode # 303
(Irresistible)Épisode # 303
L’équipe de Sheppard fait la rencontre d’un homme qui est adoré par tous ceux qui le côtoient. Sa présence sur Atlantis produit rapidement des effets étranges chez les membres de l’Expédition.
Face à face (Sateda)
Épisode # 304
(Sateda)Épisode # 304
Ronon Dex est capturé par le commandant wraith responsable de l’anéantissement de son peuple et le ramène sur Sateda dans le but de faire de lui de nouveau un coureur.
Copies conformes (Progeny)
Épisode # 305
(Progeny)Épisode # 305
L’Expédition Atlantis découvre un monde peuplé par des Anciens ayant toujours forme humaine et étant à l’abri de la menace des Wraiths.
Le monde réel (The Real World)
Épisode # 306
(The Real World)Épisode # 306
Weir se réveille sur Terre dans un institut psychiatrique. On lui apprend alors que la porte des étoiles et Atlantis ne sont que le produit de son imagination.
Intérêts communs (Common Ground)
Épisode # 307
(Common Ground)Épisode # 307
Sheppard est retenu prisonnier par Kolya. Ce dernier menace de se servir de lui comme nourriture pour un Wraith si Weir ne satisfait pas toutes ses demandes.
La guerre des génies (McKay and Mrs. Miller)
Épisode # 308
(McKay and Mrs. Miller)Épisode # 308
Rodney McKay tente de convaincre sa sœur, Jeannie Millier, de venir sur Atlantis afin de l’aider à reformer le projet Arcturus.
La machine infernale (Phantoms)
Épisode # 309
(Phantoms)Épisode # 309
Le comportement des membres de l’équipe de Sheppard est influencé par une technologie extraterrestre lors d’une mission pour secourir une équipe porté disparue.
Exil forcé 1/2 (The Return, part 1)
Épisode # 310
(The Return, part 1)Épisode # 310
Le Dédale rencontre un vaisseau spatial endommagé ayant à son bord des Anciens. De retour sur Atlantis, les Anciens reprennent le contrôle de la Cité et exigent le départ de l’Expédition.
Exil forcé 2/2 (The Return, part 2)
Épisode # 311
(The Return, part 2)Épisode # 311
L’équipe doit secourir le général O’Neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans qui contrôlent désormais Atlantis.
Le chant des baleines (Echoes)
Épisode # 312
(Echoes)Épisode # 312
Les habitants d’Atlantis commencent à subir d’étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs baleines se dirigent vers la Cité.
Invincible (Irresponsible)
Épisode # 313
(Irresponsible)Épisode # 313
L’équipe rencontre de nouveau Lucius manipulant les habitants d’une autre planète sans défense grâce à une technologie des Anciens qui semblent le rendre invincible.
Le péril de la sagesse (Tao of Rodney)
Épisode # 314
(Tao of Rodney)Épisode # 314
Alors que McKay acquiert de nouvelles capacités cognitives grâce à un appareil Ancien, sa vie pourrait bien être en danger suite aux révélations faites sur cette technologie.
Les jeux sont faits (The Game)
Épisode # 315
(The Game)Épisode # 315
Sheppard et McKay découvrent que l’un de leurs jeux vidéo contrôle la population d’une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que cette dernière est sur le point d’entrer en guerre.
Âmes en détresse (The Ark)
Épisode # 316
(The Ark)Épisode # 316
Les derniers survivants d’une civilisation sont retrouvés en hibernation. Leur survie est menacée lorsque leur équipement d’hibernation est sévèrement endommagé.
Une question d’éthique (Sunday)
Épisode # 317
(Sunday)Épisode # 317
Une journée de repos pour les membres de l’Expédition Atlantis vire en tragédie lorsqu’une explosion retentit dans l’une des sections de la Cité entraînant la mort de plusieurs personnes.
Immersion (Submersion)
Épisode # 318
(Submersion)Épisode # 318
L’équipe part explorer une station géothermale sous-marine de la planète Lantia, délaissée par les Anciens. Rapidement, Teyla sent que la station n’est peut-être pas tout à fait déserte.
L’équilibre parfait (Vengeance)
Épisode # 319
(Vengeance)Épisode # 319
Sans nouvelles depuis plusieurs semaines des Taranians, Sheppard et son équipe se rendent sur leur nouvelle base afin d’enquêter sur la situation.
Nom de code : Horizon (First Strike)
Épisode # 320
(First Strike)Épisode # 320
Les Terriens lancent une attaque contre le monde natal des Asurans lorsque l’on découvre que ces derniers construisent une flotte de vaisseaux de guerre dans le but de se rendre sur Terre.