La vie avant tout 
(Search and Rescue)
Épisode # 501
(Search and Rescue)Épisode # 501
Alors que Carter organise une mission de sauvetage pour secourir l’équipe de Sheppard des décombres d’un complexe, elle doit faire face à Michael qui convoite lui aussi les survivants.
Contamination (The Seed)
Épisode # 502
(The Seed)Épisode # 502
Un organisme alien transforme l’apparence du docteur Keller et menace petit à petit toute la Cité. Le docteur Beckett, sorti entre-temps de sa stase, s’emploie pour trouver une solution à ce problème.
Une question d’honneur (Broken Ties)
Épisode # 503
(Broken Ties)Épisode # 503
Les Wraiths capturent Ronon et lui font subir un lavage de cerveau afin d’en faire l’un de leurs adorateurs.
Tous les possibles (The Daedalus Variations)
Épisode # 504
(The Daedalus Variations)Épisode # 504
Sheppard et son équipe enquêtent sur le Dédale qui vient mystérieusement d’apparaître, à la dérive et abandonné. Ils découvrent alors qu’une machine expérimentale les fait voyager dans plusieurs univers alternatifs, sans possible retour dans leur propre réalité.
Les fantômes du passé (Ghost in the Machine)
Épisode # 505
(Ghost in the Machine)Épisode # 505
Quand les Réplicateurs asurans tentent d’effectuer leur Ascension, cela entraine quelques problèmes, et le docteur Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.
Seconde enfance (The Shrine)
Épisode # 506
(The Shrine)Épisode # 506
Rodney McKay souffre d’une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.
Les démons de la brume (Whispers)
Épisode # 507
(Whispers)Épisode # 507
Le docteur Beckett est appelé pour aider une équipe enquêtant sur l’un des laboratoires qui a appartenu à Michael.
La nouvelle reine (The Queen)
Épisode # 508
(The Queen)Épisode # 508
Teyla se fait passer pour la reine de Todd afin de mener des négociations avec d’autres vaisseaux ruche
Jeu de piste (Tracker)
Épisode # 509
(Tracker)Épisode # 509
L’équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le docteur Keller qui s’est fait kidnappée par un coureur.
Premier contact 1/2 (First Contact, part 1)
Épisode # 510
(First Contact, part 1)Épisode # 510
Pendant que Daniel Jackson se rend sur Atlantis pour enquêter sur un laboratoire de Janus, Todd et une délégation wraith arrivent sur le Dédale pour travailler sur la génothérapie de Keller.
La tribu perdue 2/2 (The Lost Tribe, part 2)
Épisode # 511
(The Lost Tribe, part 2)Épisode # 511
Toujours captifs, Rodney et Daniel découvrent l’identité de leur geôlier. Pendant ce temps, Todd détourne le Dédale pour détruire l’Attero, responsable de la destruction de plusieurs vaisseaux wraiths dans la galaxie.
Les Balarans (Outsiders)
Épisode # 512
(Outsiders)Épisode # 512
Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l’empoisonnement à la drogue hoffan avant qu’ils ne soient exterminés par les Wraiths.
Inquisition (Inquisition)
Épisode # 513
(Inquisition)Épisode # 513
L’équipe de Sheppard doit répondre de ses actes dans la galaxie face à une coalition d’humains de Pégase.
Le fils prodigue (The Prodigal)
Épisode # 514
(The Prodigal)Épisode # 514
Michael et son armée d’hybrides s’infiltrent sur Atlantis et prennent le contrôle de la salle de contrôle et d’embarquement, menaçant de la détruire si l’enfant de Teyla ne leur est pas remis.
Les Sekkaris (Remnants)
Épisode # 515
(Remnants)Épisode # 515
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l’Expédition fait une découverte sur la nature d’une ancienne race ayant vécue sur cette planète.
Rendez-vous glacial (Brain Storm)
Épisode # 516
(Brain Storm)Épisode # 516
Rodney McKay retrouve son rival lors d’une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités.
Entre la vie et la mort (Infection)
Épisode # 517
(Infection)Épisode # 517
Lorsque la ruche de Todd apparait en orbite d’Atlantis, l’équipe de Sheppard découvre que son équipage a été frappé d’une maladie qu’ils ont contribué à créer.
Identité (Identity)
Épisode # 518
(Identity)Épisode # 518
Alors que le corps de Keller a été pris comme hôte par l’esprit d’une criminelle, l’esprit de Jennifer est quant à lui transféré dans le corps de la criminelle qui doit répondre de ses crimes.
Las Vegas (Vegas)
Épisode # 519
(Vegas)Épisode # 519
Dans une réalité parallèle, à Las Vegas, le détective John Sheppard doit enquêter sur une série de meurtres sauvages de personnes, mortes des suites d’une aspiration rapide de leur force vitale.
L’empire contre-attaque (Enemy at the Gate)
Épisode # 520
(Enemy at the Gate)Épisode # 520
Lorsqu’un lieutenant de Todd utilise un E2PZ pour améliorer son vaisseau ruche, tous les moyens sont mis en œuvre pour contrer cet ennemi surpuissant