À la dérive 
(A drift)
Épisode # 401
(A drift)Épisode # 401
Alors qu’Atlantis est à la dérive dans l’espace, l’Expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu’il ne soit trop tard.
Dernier recours (Lifeline)
Épisode # 402
(Lifeline)Épisode # 402
Alors que le temps leur est compté, Weir et l’équipe de Sheppard se lancent dans une mission à haut risque dans le but de s’emparer d’un E2PZ appartenant aux Réplicateurs, sur Asuras.
Retrouvailles (Reunion)
Épisode # 403
(Reunion)Épisode # 403
Lorsque Ronon retrouve d’anciens compagnons, il doit décider s’il désire demeurer sur Atlantis ou les rejoindre. Pendant ce temps, le colonel Carter arrive sur Atlantis pour prendre la tête de l’Expédition.
Cauchemar sur Atlantis (Doppelganger)
Épisode # 404
(Doppelganger)Épisode # 404
Sheppard réveille accidentellement une forme de vie cristalline qui désire éliminer le reste de l’Expédition en envahissant leurs cauchemars sous la forme de Sheppard.
Les Voyageurs (Travelers)
Épisode # 405
(Travelers)Épisode # 405
Le colonel Sheppard est capturé par les habitants d’un vaisseau spatial qui désirent utiliser son habileté à manipuler les technologies des Anciens à leur avantage.
Perte de mémoire (Tabula Rasa)
Épisode # 406
(Tabula Rasa)Épisode # 406
Quand un virus cause une amnésie de tout le monde à l’exception de Teyla et Ronon, l’équipe Atlantis doit trouver un remède avant que leur mémoire ne soit complètement effacée.
Seules contre tous (Missing)
Épisode # 407
(Missing)Épisode # 407
Teyla et le docteur Keller visitent la nouvelle Athos quand elles sont attaquées par un peuple de guerriers primitifs.
Le prophète (The Seer)
Épisode # 408
(The Seer)Épisode # 408
À la recherche des Athosiens, l’équipe rencontre un homme ayant d’impressionnants pouvoirs prophétiques qui leur prédit un avenir très sombre pour Atlantis.
Programmation mortelle (Miller’s Crossing)
Épisode # 409
(Miller’s Crossing)Épisode # 409
Un homme kidnappe McKay et sa sœur Jeannie, sur Terre, et leur demande de reprogrammer des nanites aliens afin de guérir sa fille atteinte d’un grave cancer.
Double collision (This Mortal Coil)
Épisode # 410
(This Mortal Coil)Épisode # 410
Lorsqu’un drone percute la Cité, l’Expédition craint que les Réplicateurs ne les aient retrouvés. Mais quand Weir fait sa réapparition, l’équipe se rend compte que cette sonde fait juste partie d’un plus grand mystère.
Alliance forcée (Be All My Sins Remember’d)
(Be All My Sins Remember’d)Épisode # 411
La menace réplicateur prend de l’ampleur et Atlantis est en quête de nouveaux alliés afin d’anéantir l’immense armada ennemie.
Conséquences (Spoil of War)
Épisode # 412
(Spoil of War)Épisode # 412
Atlantis entreprend avec succès le sauvetage d’un vaisseau ruche partiellement endommagé ainsi que la récupération d’importantes informations pouvant les aider dans leur guerre contre les Wraiths.
Quarantaine (Quarantine)
Épisode # 413
(Quarantine)Épisode # 413
Atlantis verrouille inexplicablement ses différentes sections, laissant les habitants de la Cité dans une situation plus que préoccupante.
Harmony (Harmony)
Épisode # 414
(Harmony)Épisode # 414
Sheppard et McKay doivent protéger une jeune princesse qui doit faire son pèlerinage avant d’être reine. Mais un dangereux ennemi en veut à sa vie…
Banni (Outcast)
(Outcast)Épisode # 415
Sheppard retourne sur Terre pour assister à l’enterrement de son père avant d’être recruté pour récupérer un Réplicateur à forme humaine créé par un laboratoire sur Terre.
Trio (Trio)
Épisode # 416
(Trio)Épisode # 416
McKay, Carter et Keller se retrouvent coincés dans une salle souterraine sur le point de s’effondrer à tout instant au fond d’un abysse.
Infiltration wraith (Midway)
Épisode # 417
(Midway)Épisode # 417
Teal’c vient sur Atlantis pour préparer Ronon aux questions de la CIS. Mais ils devront travailler ensemble quand des Wraiths réussissent à prendre Midway avec l’ordre de se rendre sur Terre.
Hybrides 1/2 (The Kindred, part 1)
Épisode # 418
(The Kindred, part 1)Épisode # 418
Alors qu’une mystérieuse nouvelle épidémie balaie la galaxie de Pégase, Teyla est convaincue par une vision que le père de son enfant essaie de communiquer avec elle.
Hybrides 2/2 (The Kindred, part 2)
Épisode # 419
(The Kindred, part 2)Épisode # 419
Toute l’équipe d’Atlantis est surprise quand un ancien ami que tout le monde croyait mort revient miraculeusement parmi eux.
Le dernier Homme (The Last Man)
Épisode # 420
(The Last Man)Épisode # 420
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la Cité abandonnée. A la place de l’océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue.